Emmauskirken blev indviet i 1876. Nogle år forinden havde Diakonissestiftelsen med personlig støtte fra Dronning Louise erhvervet den 7 ½ tønder land store grund på hjørnet mellem Peter Bangs Vej og Søndre Fasanvej. På denne grund blev den første del af den nuværende Diakonissestiftelse bygget med søsterhjem for diakonisserne, hospital og kirke.
Kirken er tegnet af arkitekt Hans Jørgen Holm, og byggeriet blev finansieret af Justitsråd C.H. Stoltenberg, som gav pengene under forudsætning af, at kirken skulle være færdigbygget i 1876. Det lykkedes lige akkurat, og kirken blev indviet den 31. december 1876.
Kirken er fra starten bygget sammen med Diakonissestiftelsens hovedbygning. Kirkebygningen, der vender mod nord, er opført i nygotisk stil med samme spidsbuede vinduer og samme kamtakkede gavle, som er karakteristisk for resten af Diakonissestiftelsen.
Det var først meningen, at kirken skulle hedde "Diakonissekirken", men Harald Stein, som var Diakonissestiftelsens første præst, syntes ikke om navnet. I et brev til Dronning Louise i 1875 skriver Harald Stein:
"Diakonissekirken er et meget kedsommeligt navn. Kirken bør have et mere neutralt navn, som viser at også andre end diakonissekredsen kan slutte sig til den. Emmaus er et stille sted, hvor Herren åbenbarer sig for de sørgende sjæle, udlægger ordet for dem og rækker dem nadveren, og alt dette passer godt på en hospitalskirke og kan anvendes både på de syge, de bedrøvede og på deres plejersker."
Forslaget fald i god jord hos Dronning Louise, som kunne tilslutte sig forslaget, og kirken kom til at hedde Emmauskirken.
Emmaus henviser til den fortælling i Det nye Testamente, hvor to af Jesu disciple påskedag er på vej mod byen Emmaus (Luk. 24, 13-35). De er nedtrykte, og på vejen møder de en mand, som uvidende spørger til påskens begivenheder i Jerusalem. Om aftenen inviterer disciplene den fremmede til et måltid, hvor han velsigner og bryder et brød. I dét øjeblik ser de, at det er den opstandne Kristus, der har lyttet til og vist sig for dem.
I 2015 blev kirken underlagt en gennemgribende renovering under ledelse af arkitekt Hans-Jørgen Lykkeboe.
Det var ønsket med renoveringen at skabe et moderne og fleksibelt rum, som på samme tid skulle afspejle Emmausvandringen, der har givet navn til kirken.
Ifm. renoveringen blev det meste af det oprindelige interiør fjernet. Ornamentikken i loftet med de fire evangelistsymboler, lysekronerne og de bagerste bænke er dog bibeholdt fra det oprindelige kirkerum. Det samme gælder dåbsfadet og kandelaberen forrest til venstre i kirkeskibet.
De bagerste bænke, som er bibeholdt, er blevet afkortet i længden og malet i en dyb rød farve, som går igen i loftets ornamentik. Til de resterende siddepladser er der løse stole.
Alter og alterskranken er tegnet af arkitekt Hans-Jørgen Lykkeboe, mens døbefonten er tegnet af Lisbeth Nielsen, som også har lavet skulpturerne i kirken. Alter og døbefont er lavet af samme svenske granit.
De fire skulpturgrupper i kirken er lavet af skulptør Lisbeth Nielsen (f. 1952). Kunsthistoriker Michael Wivel, som har været kunsthistorisk konsulent på renoveringen, skriver om udsmykningen:
"Som helhed har Lisbeth Nielsen ikke forholdt sig illustrativt til selve Emmausberetningen. Hun har i stedet valgt at tolke dens kærlighedsbudskab ind i den verden, der er vores her og nu, og hendes fortolkning er både dristig og bevægende, og som sådan ligetil."
Figurgruppen i brændt ler, der står i nichen til venstre, når man kommer ind ad kirkens hovedindgang, forestiller de sørgende kvinder ved graven.
De tre øvrige skulpturer er støbt i bronze. Figuren bagerst i kirken forestiller Maria Magdalene. Ifølge Det nye Testamente var hun det første opstandelsesvidne (Joh. 20, 11-18). Modsat de sørgende kvinder ved graven står hun rank og har løftet hoved, for hun har set den opstandne Kristus, og derfor kan hun gå sin fremtid i møde med håb.
Ved flyglet står skulpturen af jomfru Maria med Jesusbarnet. Placeret over for døbefonten bliver figuren på samme tid et billede på enhver mor med sit barn – og ethvert barn, der bliver båret til dåben.
Lisbeth Nielsen har med figurerne i kirkeskibet udtrykt nogle markante kvindeskikkelser i forskellige livssituationer. Med kvindefigurerne er der skabt en forbindelse til de mange kvinder som igennem historien har sat deres præg på Diakonissestiftelsen.
Bag alteret står figuren, der forestiller den opstandne Kristus med en kobberplade som baggrund. Kristusfiguren er i bevægelse, så han nærmest tager et skridt hen imod os. Hermed nyfortolkes Emmausberetningen: Når vi nærmer os alteret, bliver vi selv en del af Emmausvandringen.
Når vi kommer gående ind i kirken går vi helt konkret på det store trækors, som ligger i gulvet. Korset i gulvet er det tomme opstandelseskors, som Kristus har rejst sig fra. Han er nu bag alteret, hvor han tager et skridt henimod os og kommer os i møde.
Korset i gulvet bliver på den måde det allerstørste håbstegn. Det er det samme håb, som symboliseres i duen, – diakoniens kendetegn – som derfor også er Diakonissestiftelsens logo.
Som virksomhedskirke har Emmauskirken en helt særlig funktion på Diakonissestiftelsen. Her markeres stedets mærkedage, og der foregår arrangementer af meget forskellig karakter for ansatte, studerende, frivillige eller Diakonissestiftelsens børne- og ældreinstitutioner. Samtidig udgør kirkerummet også rammen for en almindelig privat folkekirke, hvor der løbende afholdes gudstjenester og kirkelige handlinger.
Kirken rummer i alt 150 siddepladser, heraf 60 på bænke og resten flytbare stole, hvilket giver mulighed for, at kirkerummet kan ændre karakter og bruges til f.eks. workshops, teater, samtaler, foredrag med let traktement m.m. Det ensartede og plane gulv gør, at alle, også kørestolsbrugere og gangbesværede, frit kan bevæge sig rundt i kirken og op til alterskranken.