Diakonissestiftelsen har en lang tradition for at være fremsynet og fornyende inden for sygepleje og omsorg. Det hele startede i beskedne rammer i et hus på Smallegade. Koleraepidemierne havde hærget København i 1850’erne, og det blev efterhånden tydeligt, at der manglede uddannelse og viden om hygiejne og sygdomsbekæmpelse. Den daværende prinsesse Louise, senere dronning Louise, gift med kong Christian IX, var inspireret af diakonissehuse i udlandet, hvor kvinder i menighedens tjeneste var engageret i at gøre noget for mennesker, der trængte til hjælp. Med hendes støtte oprettede frøken Louise Conring i 1863 et diakonisseshus, hvor der kunne uddannes sygeplejersker. I det lille hus på Smallegade var der til at begynde med én læge, 3-4 søstre og plads til 8-10 patienter. I 1876 flyttede Diakonissestiftelsen ind i den første del af de røde bygninger på Peter Bangs Vej. Her var søsterhjem, sygeplejeuddannelse og kirke. Efterhånden kom også andre opgaver end sygeplejen til: børnehjem, alderdomshjem, asyl for løsladte kvindelige fanger mm.

I perioden 1936-1986 fyldte hospitalsdriften meget, og Diakonissestiftelsen havde forskellige specialer, blandt andet fødeafdeling og behandling af børn med læbe-ganespalte. Den stærke faglighed kombineret med traditionen for omsorg har givet sig udtryk i en række nyskabende tiltag; blandt andet var Diakonissestiftelsen blandt de første, som tog initiativ til at etablere et hospice for døende. I dag er der ikke hospital på Diakonissestiftelsen, men en mangfoldighed af andre funktioner inden for uddannelse, sundhed, psykiatri, børn, ældre og kultur.