Det var først meningen, at kirken skulle hedde "Diakonis­sekirken", men Harald Stein, som var Diakonissestiftel­sens første præst, syntes ikke om navnet. I et brev til Dronning Louise i 1875 skriver Harald Stein:

"Diakonissekirken er et meget kedsommeligt navn. Kirken bør have et mere neutralt navn, som viser at også andre end diakonissekredsen kan slutte sig til den. Emmaus er et stille sted, hvor Herren åbenbarer sig for de sørgende sjæle, udlægger ordet for dem og rækker dem nadveren, og alt dette passer godt på en hospi­talskirke og kan anvendes både på de syge, de bedrøvede og på deres plejersker."

Forslaget fald i god jord hos Dronning Louise, som kunne tilslutte sig forslaget, og kirken kom til at hedde Emmaus­kirken.

Emmaus henviser til den fortælling i Det nye Testamente, hvor to af Jesu disciple påskedag er på vej mod byen Em­maus (Luk. 24, 13-35). De er nedtrykte, og på vejen møder de en mand, som uvidende spørger til påskens begivenheder i Jerusalem. Om aftenen inviterer disciplene den fremmede til et måltid, hvor han velsigner og bryder et brød. I dét øjeblik ser de, at det er den opstandne Kristus, der har lyttet til og vist sig for dem.

Emmauskirken blev indviet i 1876. Nogle år forinden havde Diakonissestiftelsen med personlig støtte fra Dron­ning Louise erhvervet den 7 ½ tønder land store grund på hjørnet mellem Peter Bangs Vej og Søndre Fasanvej. På denne grund blev den første del af den nuværende Dia­konissestiftelse bygget med søsterhjem for diakonisserne, hospital og kirke.

Kirken er tegnet af arkitekt Hans Jørgen Holm, og byggeriet blev finansieret af Justitsråd C.H. Stol­tenberg, som gav pengene under forudsætning af, at kirken skulle være færdigbygget i 1876. Det lykkedes lige akkurat, og kirken blev indviet den 31. december 1876.

Ved indvielsen fik diakonisserne et 'hostiejern' til at bage alterbrød med. Hurtigt begyndte andre kir­ker at efter­spørge Diakonissernes oblater, som efterhånden blev solgt til hele landet, og hermed blev grunden lagt til Dia­konisse­stiftelsens alterbrødsbageri, som stadig er i produktion.

Kirken er fra starten bygget sammen med Diakonissestif­telsens hovedbygning. Kirkebygningen, der vender mod nord, er opført i nygotisk stil med samme spidsbuede vin­duer og samme kamtakkede gavle, som er karakteristisk for resten af Diakonissestiftelsen.

I 2015 blev kirken underlagt en gennemgribende renove­ring under ledelse af arkitekt Hans-Jørgen Lykkeboe.

Det var ønsket med renoveringen at skabe et moderne og fleksibelt rum, som på samme tid skulle afspejle Emmausvandringen, der har givet navn til kirken.

Ifm. renoveringen blev det meste af det oprindelige interiør fjernet. Ornamentik­ken i loftet med de fire evan­gelistsymbo­ler, lysekronerne og de bagerste bænke er dog bibeholdt fra det oprindelige kirkerum. Det samme gæl­der dåbsfadet og kandelaberen forrest til venstre i kirkeskibet.

De bagerste bænke, som er bibeholdt, er blevet afkortet i længden og malet i en dyb rød farve, som går igen i loftets ornamentik. Til de resterende siddepladser er der løse stole.

Alter og alterskranken er tegnet af arkitekt Hans-Jørgen Lyk­keboe, mens døbefonten er tegnet af Lisbeth Nielsen, som også har lavet skulpturerne i kirken. Alter og døbefont er lavet af samme svenske granit.

Motivet fra Emmausberetningen gik igen i kirkens oprindelige altertavle, som blev malet af Anton Dorph i 1878 med titlen "Vandringen til Emmaus". Altertavlen blev skænket af bestyrel-sesmedlem grosserer E.F. Nobel. Maleriet hænger i dag på Diakonissestiftelsens plejehjem Søster Sophies Minde.
Kirkens oprindelige orgel er placeret over koret, hvor det stadig er synligt. Det blev brugt indtil 1970, hvor det nye orgel med 20 stemmer blev taget i brug. Det nye orgel er bygget af Frobenius og Sønner og er placeret bagerst i kirken. Orglet blev reno-veret i 1999.

Fra kirkens første tid var der placeret to statuegrupper i kirken: den ene, "Abraham og Isak" af Carl Peters, var placeret bagerst i kirken, hvor den havde sin plads ind til renoveringen i 2015. Den anden, "Hagar og Ismael" af Lauritz Prior, stod i kirkeskibets nordvestlige hjørne. Den blev fjernet fra kirken i 1980'erne.